El diagnóstico del síndrome de disfunción cognitiva presenta numerosos desafíos en la práctica clínica y actualmente no existen protocolos de diagnóstico estandarizados aceptados internacionalmente. El CDS es esencialmente un diagnóstico de exclusión, que requiere que los veterinarios descarten primero otras afecciones que podrían causar síntomas similares, incluida la reducción de la actividad inducida por la artritis, el deterioro sensorial (pérdida de visión y audición), los efectos secundarios de los medicamentos, la disfunción tiroidea, el dolor crónico y otras enfermedades de los sistemas orgánicos. Un estudio de encuesta realizado en 2025 recopiló 318 respuestas a cuestionarios de veterinarios en los Estados Unidos, lo que reveló que los médicos carecen de pautas unificadas para diagnosticar y manejar el CDS.
El proceso de diagnóstico suele requerir múltiples visitas y observación a largo plazo, ya que los cambios en la función cognitiva suelen ser graduales. Una sola visita al consultorio rara vez permite un diagnóstico definitivo; generalmente, se necesitan dos o tres citas de seguimiento para establecer un juicio clínico confiable. A lo largo de este proceso, la anamnesis detallada es crucial, y los veterinarios deben preguntar sistemáticamente sobre la presentación de la mascota en todas las categorías de síntomas de DISHA. El uso de herramientas de evaluación estandarizadas, como la Escala de Demencia Canina (CADES), puede ayudar a cuantificar la gravedad de los síntomas y realizar un seguimiento de la progresión de la enfermedad. Lamentablemente, todavía se está desarrollando una herramienta de evaluación similar para gatos, llamada SeniCat.
Distinguir entre envejecimiento normal y disfunción cognitiva patológica es otro desafío diagnóstico. Las mascotas que envejecen normalmente pueden mostrar una actividad ligeramente reducida, una duración ligeramente mayor del sueño, respuestas algo más lentas y una menor adaptabilidad a nuevos entornos, pero estos cambios suelen ser sutiles y graduales. Por el contrario, los pacientes con disfunción cognitiva experimentan cambios significativos en los patrones de actividad, una inversión completa del ciclo del sueño, una falta total de respuesta a las cosas familiares y se pierden por completo en entornos familiares. Cuando los cuidadores de mascotas informan descripciones como "parece que mi mascota ya no me reconoce" o "parece que no saben dónde está", se debe sospechar altamente de disfunción cognitiva. Los formularios de evaluación de la calidad de vida y los registros del estado cognitivo pueden ayudar a los cuidadores de mascotas a documentar y rastrear sistemáticamente estos cambios, proporcionando información valiosa para el diagnóstico.